הבעיה המרכזית בהוראת התנ"ך בחינוך לא-דתי היא המתח בין הפרשנות המסורתית לביקורת המקרא. גלס (1927) כותב:
"את כתבי הקודש אפשר לבאר באחת משתי המתודות הללו: או על-פי הקבלה [על-פי המסורת]... או על-פי החקירה, כלומר על-פי המתודה ההיסטורית-בלשנית או מדעית. שתי המתודות האלו סותרות זו את זו ביסודן, וכשאנו משתמשים באחת מהן, איננו יכולים להשתמש שוב בשנייה... כיצד צריך לבאר בבית-ספר החדיש את כתבי הקודש: באופן דוגמטי [מסורתי] או באופן היסטורי-פילולוגי?... אנו עומדים כאן לפני שתי שיטות ניגודיות, שאין שום פשרה ביניהן. והמורה לכתבי הקודש עומד כאן לפני שאלה: באיזו מתודה עליו לבחור, כדי שיורה לפיה את כתבי הקודש?" (עמ' 48, 51-50).